敦煌文物中保留的诊法以脉法为主，还涉及望、闻、问等其他诊法。

在壁画之中，莫高窟北魏第254窟描绘了一个方外人能够通过叩听骷髅之声，辨别性别、死因；北周第296窟的窟顶，描绘了医生为半卧着的患者静心诊脉，旁边还有人扶助患者、侍奉医生；盛唐第217窟绘有医生带着医童赶来为患儿诊病的《得医图》。

在出土文献中，涉及诊法的资料更加丰富，有《素问·三部九候论》《伤寒论·辨脉法》《伤寒论·伤寒例》《针灸甲乙经·病形诊脉》《平脉略例》等13类著作，涉及18种诊法理论。其中讲到，诊脉有“诊法常以平旦”“医以己息候病人”“持脉轻重”等基本要求，还详细介绍了“三部九侯法”“寸口诊法”“弹踝诊法”等不同诊脉方法如何定位和操作，并且对于不同时间、不同脏腑的正常脉象和异常脉象分类及其所代表的疾病也均有系统论述。比如讲到“七表脉”中的弦脉时说：“寸口紧跳脉似弦，胸中急痛似绳牵，关尺得之寒在胃，下焦停水满丹田。”

关于本草，敦煌文献中保留了多种南北朝和唐代的本草著作，有《本草经集注第一·序录》《新修本草》《食疗本草》《残本草》《张仲景五脏论》等，内容涉及药物分类、功效理论、采集炮制等。尤其对于药物的采集、炮制、制剂等有细致的记录，并且在《张仲景五脏论》中还对不同病证的药物选择有详细论述，证明在隋唐时期甚至更早，中药学的理论已经趋于系统并日益完备。

针灸早在《黄帝内经》之中已有提及，敦煌的汉文针灸类遗书共有五部七种，内容系统丰富。《明堂五脏论》中对于经脉长度、经气的四季流注、人体腧穴数量和五脏六腑对应腧穴等均有详细记载；《灸法图》和《新集备急灸经》则对腧穴的定位、主治，以及艾灸的操作方法、不同疾病的艾灸治疗方案等有系统记述，尤其在《灸法图》中记载了22个“古经穴”，为经络腧穴的研究提供了新鲜史料；《新集备急灸经》《灸经明堂》和《人神日忌》还对“人神禁忌”，即气血精微等在经脉中循行的规律，及针灸治疗如何与之配合和禁忌情况等有系统论述。

由于敦煌文化中保留有不同宗教的文化，故记录下了很多养生术，比如“辟谷”“导引”“房中术”等道家养生术，以及“禅定”“香浴”“避谷服食”等佛教养生术。此外，文献中还记录了当时的民俗医事，医学的教育、管理机构，以及医疗相关官职体制等医学相关的内容。